極悪怪鳥・ガルーダを退治してサロニア王国を崩壊の危機から救った光の戦士・アスラン一行ですが、土のクリスタルが破壊されてしまったという大問題は全然解決していません。一行はノーチラス号を駆ってダルグ大陸の入り口の強風を突破し、最奥部にある大魔道士･ドーガの館へと辿り着きます。

館に入った途端、ドーガの命令で現れたコウモリの翼を生やした怪しい猫に襲われそうになりますが、４人がクリスタルの力を授かっていると見て取り、誤解を解いて館の中へと招いてくれます。
早速ドーガに事情を話して協力を要請する４人でしたがドーガはまるで動揺しません。なんとあのクリスタルはドーガが作った黄金を生み出すクリスタルだったというではありませんか！

おそらくは魔法の研究資金を捻出する目的でドーガが作り出したクリスタルをゴールドルが盗むか何かしたのでしょうが、下手したら金相場を崩壊させて世界を大インフレに陥れかねない危険な発明です。

まあそれはさておき、ここに至ってようやく敵の全貌が明らかになります。
敵の名はザンデ。彼は大魔道士ノアの元で、兄弟弟子のドーガやウネと共に魔法の修行に励んでいたのですが、ノアが死に望んでドーガに強大な魔力、ウネに夢の世界、そしてザンデに人間の生命を与えたのですが、彼は自分に与えられた物に満足できずにグレてしまい、土のクリスタルの力を悪用して大陸を海に沈めてしまったのだとか。
しかもドーガは病を患っており、余命いくばくも無いというではありませんか！

さしあたり一行がザンデの悪行を止めるためになさねばならない事とは・・・
�@ドーガと共に館の地下にある魔方陣の洞窟までドーガと共に行く。
�A海底にある時の神殿に赴いてノアのノリュートを入手する。
�Bサロニアの南にあるウネの祠に赴き、ノアノリュートを使って眠っているウネを起す。

ぶっちゃけた話、古代遺跡までは特に固定のボスキャラはいないのでテレポ一回分のＭＰを温存するか、ラッコの頭を用意するかしておいて全力で戦うのも良いでしょう。

魔方陣の洞窟は小人にならないと通れないとはいえ、ドーガの部屋から入れるし、必要な施設も一通り揃っているので比較的楽に進めることができます。目的の魔法陣まで来ると、ドーガはノーチラス号に潜水能力を与え、更にエウレカの鍵なるアイテムを手に入れるためにそのまま異次元に向かって旅立っていきます。

こうして更に便利になったノーチラス号を駆ってサロニア大陸の最南端の海底にある時の神殿でノアのリュートを入手し、ウネの祠に赴いてウネを目覚めさせます。余談ですがこのババア、ドーガと違ってあと３００年くらい平気で生きそうなくらい元気です。
既に夢の世界を通してドーガから事情を聞いているウネは早速仲間に加わり、巨大戦艦インビンシブルが眠っているというウネの祠の北にある古代遺跡に向かいます。

この遺跡、個人的には本作で１，２を争う難所だと思ってます。ここでの脅威はアズリエル。現れた途端に仲間を呼んで際限なく増殖するとんでもない敵ですが、サイレスで沈黙させてしまえば、増殖は封じ込めることができます。しかし、使用回数は少ないので、できるだけ節約しなければなりません。

ここでのお勧め編成は狩人・風水師（または盗賊）・白魔道士・黒魔道士です。全員後列に下げて攻撃の命中率を下げ、狩人はメデューサの矢を装備させて戦いに臨みましょう。この矢は石化効果があるので、当たれば敵の残りＨＰにかかわらず倒すことができます。更に奥に進むともっと嫌な敵が目白押しです。奴等は魔法や暗黒剣以外の通常攻撃（メデューサの矢は例外）で分裂するので、盗賊の「とんずら」を多用するのも一つの手です。

こうしてメデューサの矢が残り数本という所でようやくインビンシブルの艦内に到着です。艦内には宿屋、売店、でぶチョコボ完備という至れり尽くせりの豪華振りです。最後にウネはアムルの北にある暗黒の洞窟にある土の牙を手に入れるように言い残して彼女もまたシルクスの鍵なるアイテムを取りに行くためにアスラン達と別れます。

こうして巨大戦艦インビンシブルを手に入れたアスラン達は古代遺跡でヒドイ目にあった経験を踏まえて、あの忌々しい分裂野郎達に対抗する術を模索するべく、サロニアの南東部にある魔剣士の里・ファルガバードに向かいます。この村は山を越える能力を持つインビンシブルでないと行くことができません。

ここでようやくジョブチェンジできても装備できる物が無かった魔剣士の出番です。編成は全員魔剣士でもいいでしょう。装備を揃えたら、まずは腕試しがてら村の中にある洞窟に挑戦したり、滝の裏に住む老人がけしかけたしのびと戦って倒して褒美に菊一文字をもらったり、ハイポーションを目一杯買ったりして準備を整えた後、いよいよ暗黒の洞窟に挑戦です。

この洞窟に行くまでにはダルグ大陸と同じように飛行型モンスターが頻繁に出てきますが、飛行型モンスターは最後までレベルが変わらない上、インビンシブルの大砲で援護射撃もできるので最早アスラン達の敵ではありません。
暗黒の洞窟では入り口から少し行った所で瀕死の魔剣士から虎鉄を譲ってもらえます。
ここの敵は例によって暗黒剣以外の攻撃で分裂しますが、魔剣士の装備を整えて、レベル４０に達していれば特に問題はありません。しかし、地獄の馬以外は経験値が軒並み低いのでここで戦い続けるメリットは殆どありません。

こうして最奥部にある土の牙を取ろうとしたらヘカトンケイルが襲ってきます。コイツは特に特殊な攻撃や魔法は使いませんが、彼の攻撃は軽く１０００ダメージを超えるので回復はマメに行いましょう。
こうしてヘカトンケイルを倒し、土の牙を手に入れた一行がなすべき事はドーガの館に行く事だけです。

で、やって来たアスラン達ですが、ドーガはいきなり彼等を怪しい洞窟にワープさせ、そこを抜けてやって来いと言い出します。勿論モンスターも出てきますが、混乱攻撃を仕掛けてくるネメシス以外には特に面倒な敵は出てきません。
折角やって来たのに何考えてるんだマッタク！・・・とブツクサ文句を言いながらドーガとウネの待つ部屋にやって来た一行ですが、ここで二人はとんでもない事を言い出します。
なんとシルクスの鍵とエウレカの鍵を完全な物にするためにはドーガ・ウネとアスラン達の戦いのパワーが必要だから自分達と戦えというのです！

しかしドーガとウネは何かと世話になった大恩人。
軽々しくｶｶｯﾃｺｫ−щ(ﾟﾛﾟщ)щ(ﾟﾛﾟщ)щ(ﾟﾛﾟщ)щ(ﾟﾛﾟщ)−ｲ！などと言えるわけありません。
躊躇うアスラン達に業を煮やしたか、ドーガは怪物に変身して襲い掛かってきます。こうなったら戦うしかありません。

ドーガはクエイク、ドレイン、ブレクガを使いこなす難敵ですが、アスラン、イザークを二刀流にしてニコルにヘイストをかけさせれば比較的短時間で倒せます。が、ドーガに止めを刺す直前、ディアッカがブレクガをモロに喰らって石になってしまいます。
ドーガを倒した直後、間髪いれず襲いかかるウネ。ディアッカが石になったまま連戦を強いられる一行。ウネはトルネド、リフレクなどを使ってきますが、ドーガと比べたら比較的倒しやすい相手です。もし二人同時にかかって来られたら勝率はかなり下がったでしょう。

こうして不本意極まりないバトルの後、二人からシルクスの鍵とエウレカの鍵を託される４人。
もう泣いてなんかいられません。二人は肉体は滅んでも魂は滅びないと言っていたのだから・・・