恐怖の海竜・ネプトを鎮め、帆船エンタープライズ号を手に入れたアスラン達は途中で半漁人に襲われたりしながらもアーガス王国と思しき土地に到着します。ちょうど近くに村があったので立ち寄ってみると様子がただ事ではありません。

怯える村人から話を聞いてみると何でも西の砂漠から来たアーガス軍と思しき兵士がいきなり村に攻め込んできて略奪暴行の限りを尽くしていったのだとか。シドの話を聞いていた限りではアーガス王は中々の人格者というイメージがあったのに一体これはどういうことなのでしょう？

しかも地図を見てみたらアーガス城は西側の砂漠ではなく、ずっと北の方にあります。この辺りの矛盾がひどく気になりますのでアーガス城に行ってみますが誰もいません。一体何処に言ったというのでしょうか？とにかくも一行は西の砂漠に乗り込んでみることにします。すると砂漠にはこれ見よがしに怪しい物体がフワフワ浮いているではありませんか！

まさか件のアーガス兵達はこの物体から湧いて出てきたとでも言うのでしょうか？しかし、今はそれを確かめる術はありません。仕方なく砂漠の更に西に進んでみる事にします。するとまたしても村があります。
自らを古代人の末裔と名乗る村人達の住むこの村の名前も古代人の村です。そのまんまです。何気に有益な情報が手に入りそうな予感に自然と情報収集にも力が入ります。

そこで彼等は驚くべき事実を聞かされます。なんとこの大陸は宙に浮いている浮遊大陸だというではありませんか！しかも注に浮く原動力となっているのはオーエンの塔と呼ばれる機械仕掛けの塔だとの事。
途方も無い事実にビックリのアスラン達でしたが、試しに村の東にあるチョコボの森でチョコボに乗って大陸をぐるりと回ってみると確かに四方は崖です。

唖然呆然として村に戻ってくると村の子供が大陸１周の賞品と言って小人のパン（使用したら近辺の地図を見ることのできるサイトロの魔法と同じ効果のあるアイテム。）をくれます。ちなみに大陸を１周する度に何回でも貰えます。

で、経験値稼ぎも兼ねてアーガス城の周辺を歩き回っていると、アーガス城の南西にある森に足を踏み入れます。するとそこには妖精達が飛び回っていてアスラン達に長老の木を助けて欲しいと懇願されます。
詳しく話を聞いてみると御年１万歳の長老の木はアーガス城の神官ハインによって城の形に刻まれて彼の居城にされてしまったとの事。どうやらそのハインなる神官がこの一連の事件の黒幕のようです。しかも彼は自分の弱点を変えることができる能力を持っているのだとか。
しかし、今はハインの城に乗り込む術はありません。

とにかくもオーエンの塔に行こうと再び出発する一行。少し北に進むと超怪しいでっかい海蛇のような影が泳いでいる湖の北にある洞窟を見つけて乗り込んでみます。そこにはグルガン族という盲目の種族がいてそこで話を聞いてみるとオーエンの塔が崩壊の危機にあるというではありませんか！そしてグルガン族の長老はデッシュに「デッシュの運命が待っている」といってトード（カエルになったり戻ったりできる白魔法。）を託します。

こうしてオーエンの塔に乗り込む一行。１Ｆは最奥部がトードの魔法でカエルに変身しないと入れないようになっているので、早速カエルになって進入です。ここを超えたらすぐに元に戻りましょう。もう１度トードの魔法を使うか、乙女のキッスというアイテムを使えばＯＫです。

オーエンの塔は古代人が造ったというだけあってそこらじゅう歯車だらけです。デッシュも上へ上へと行く度に記憶が少しずつ戻って来ているようです。そして最上階の塔の動力炉に到達する一行。そこにザンデなる人物の命令で動力炉を破壊して浮遊大陸を落とそうと画策するメデューサが立ちはだかります。

メデューサはブレイク（相手を石化させる黒魔法）を頻繁に使ってくるので対策に金の針（石化を解除するアイテム）を用意しておきましょう。魔法ではあまりダメージを与えられないので直接攻撃が有効です。

こうしてメデューサを討ち取った直後、デッシュは完全に記憶を取り戻します。実は彼は古代人の生き残りでオーエンの塔の監視人だったというではありませんか！しかもどうやってか知りませんが、塔が危機に陥った時に何とかするために永い眠りについていたのだとか。しかし眠りが長すぎた影響で記憶を失ってしまっていたようです。

そして彼はアスラン達にドワーフの島に行って炎のクリスタルの力を手に入れるよう言い残して炎が燃え盛る動力炉の中に飛び込んでいきます。

(つロ`；)(つロ`；)(つロ`；)(つロ`；)「デッシューっ！！・・・」

悲嘆にくれる４人。しかしいつまでも泣いていられません。４人は決意も新たにドワーフの島に向かって船を進めます。